其明信息: 掘金基因大数据

医疗器械 来源:张江新经济 作者: Lisa
2016
06/02
09:47
张江新经济
作者: Lisa
医疗器械

自2003年第一个人类基因被测序后,由于技术的更新与费用的降低,特别是精准医疗的提出,和基因有关的检测技术及服务开始大量涌现,基因研究已经进入到了一个风云际会的时代。

借助大数据技术与算法蓬勃发展的东风,基于高性能计算集群的新一代测序器和快速演化分析平台,基因研究领域已经被海量数据淹没,一个基因组测序项目动辄就会产生数以百PB级(1PB=1024TB)的测序数据,调查显示,基因组数据在过去的8年中,每5个月翻一番。庞大的人口基数让我国更是成为举足轻重的生命科学数据产出大国。

位于浦东软件园的其明信息就是国内基因与云计算结合的先行者,从事基因检测与生物数据挖掘与工具开发服务,致力于为科学研究者提供简单便捷的云工具与完整的科研生态链。2005年成立至今已成长为中国地区最大的生物信息商业化服务与产品供应机构,并成为全球生物信息服务客户数量最多的商业公司之一。

GCBI“基因云”

2015年,“精准医疗”概念提出,它背后是数据支撑的网络,首先需要一个平台。2015年3月,中国首个基于云计算的基因信息分析平台(GCBI)正式上线。

它包括知识库和实验室两部分,以专业庞大的基因数据库为基础,专注临床医学科研人员和企业的垂直服务。其中产品平台基因知识库提供3200万篇文献的在线查询和文献挖掘,一键式发现搜索词对应的所有基因相关研究成果。GCBank 全基因样本库共计130万份公共全基因样本,均源自研究者授权公开数据。公共样本数据可一键式发送至自有GCBI账号,通过使用平台实施在线分析完成全基因检测数据的多元化在线分析。

其明信息CEO李奇称其为“基因云”。“医生科研接触的大量基因信息,相对医疗而言比较陌生,拿到后无法完成分析与检测,需要进入更广泛的信息层面,也就是全基因检测,这超出医生的诊断能力范围。GCBI平台就是针对医生的这个问题而提供的平台。”

李奇介绍,目前全球提供互联网式基因云平台计算的企业,除了巨头谷歌的Genomics与最近颇为知名的SevenBridges外,其明是第三家。国内“独家”使其明信息成为各方争先恐后竞相与之开展合作的宠儿。

上线7个月,其明信息宣布GCBI项目完成了500万元人民币的天使融资,投资方是张江高新技术产业开发区旗下的张江火炬创投,双方志在快速推进基因云计算在中国精准医疗领域的产业布局。

同年,GCBI参与中国科技部与加拿大魁北克政府间科技合作项目,负责数据库与IT系统,未来可能在基因数据库方面加入更多带有临床数据的高质量样本和药物数据库,就此将会逐步构建一个中国最大的基因数据共享平台。

全国42家医院已与其明信息达成合作。在张江,其明信息与立迪生物基于各自在基因信息与药物筛选的能力展开合作。同时,在探讨基因分析技术如何用在药物有效人群的筛选工作上,与制药企业间的研发合作也在有序开展。

至今GCBI共有120万人次访问,吸纳实名制科研用户9300名,拥有5600份非公开样本全基因数据与30000次用户自行实施的在线分析,注册用户中医生占70%,共涉及421家医院,付费用户72位,总收入87万元,而这些高质量的用户和数据还在不断地增长中。

服务:“捡漏”基因大数据

去年中国互联网医疗投融资中,基因检测投资摘得首位, 但医学临床解读上取得突破关键在数据上。换言之,用户拿到的基因检测结果,能否用于临床诊断与药物研发,而不仅仅只是健康建议。大数据正成为生物医学研究创新引擎,但国内尚未形成以大数据为基础的生命科学研究和医疗健康服务应用模式。

“其明信息是国内第一家做基因分析的企业,也是目前全球生物信息服务用户量最大的公司之一。 2011年爆发了很多类似企业,基本上都是小作坊形式,而拥有大量服务用户的纯基因分析企业全国只有我们一家。国内的华大基因、张江的美吉生物也都有自己的生物基因分析团队,但他们的基因分析是为检测做的附加服务,我们最大的特点是将基因分析作为独立的一款产品来服务所有客户,我们很多用户其实都是其他企业的检测用户,买完检测服务后由于分析服务不到位就把数据放到我们这。”

当基因领域几乎所有的公司都在做检测的时候,其明信息挖掘了被人“遗忘”的大数据,利用全基因组芯片技术与生物信息大数据挖掘系统发现各种疾病所特有的基因组合,不同于基因检测的实验技能,这是属于抽象逻辑的互联网思维。

“食材自己提供,我们负责案板、绞肉机、刀具,做出的成品他们自己享用。”与线下医疗机构和科研人员合作,由对方负责采集提供原始基因数据,上传到GCBI平台进行数据分析与解读,得出分析报告再通过线上反馈给用户,最终转化为诊断产品,这是其明信息的互联网医疗O2O的模式。

大数据正在催生生物产业新业态,谷歌、IBM、微软等技术类公司纷纷加入,精准医疗对互联网复合型人才,特别是统计学类人才的需求加大,IT人才从事生物科学不再是“怪谈”,李奇就表示,张江火炬创投500万元天使融资将主要用于IT算法研发团队建设,其明信息的特色也是大数据医疗生态链未来发展的需求。

成长:互联网+基因的先行者

互联网“轻公司”比拼的是“软实力”,医疗行业是互联网最难改造的行业之一,关键在于好的医疗“供给”的稀缺。

作为国内唯一面向医生提供互联网式基因云平台计算的企业,其明信息客户70%以上是医生,商业模式也是基于医生购买账号,为医生客户提供全基因组数据挖掘服务,收取一定额度的年费来实现,数据的质量与优质的医生资源密不可分。

实名制认证注册确保其明的用户质量和垂直程度远远大于一般平台,“11年来,大量的医生用我们的算法数据库产出成果,最好的已发表在《科学》杂志,无论是医生还是数据都经过时间的考量与评估。”

优质的客户资源集合成了其明信息的“蚂蚁雄兵”,能在行业中抢得先机,与李奇的敏锐密不可分。学医出身的他比起医生更愿做基础研究,研究生生涯做了大量基础数据工作积累,毕业后从事生物芯片销售,一线工作使李奇有机会“把脉”市场需求,“很多客户没有办法理解数据,当时公司配套没有相应的产品,这个是很好的市场的购买点,当年我们就是中国第一家从事这一领域的企业。”

“10年经营能力与算法技术积淀,我们积累了3000多个项目案例,面对海量数据,知道这个领域的需求与价值。”

结合华为与亚马逊的云服务,通过GCBI平台以数据管理功能面对解决基因组研究、成像和临床数据的爆炸式增长,其明信息为精准医疗搭建起了数据支撑网络。

来源:张江新经济   作者: Lisa

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