GeneDock与CDC共建云平台,大数据力挺传染病防控

医疗器械 来源:36氪 作者:刘涌
2016
04/11
10:32
36氪
作者:刘涌
医疗器械

企业级基因数据云计算平台GeneDock(聚道科技)与中国疾病预防控制中心(中国 CDC)传染病预防控制所合作开发的微生物数据分析云平台(以下称 “云平台项目”)已于今日正式上线开放。

云平台项目由中国疾控中心传染病预防控制所发起,主要是为了提升传染病领域大数据的利用效率,实现高通量测序技术在病原菌检测和监测工作中的标准化应用,让非专业人员也可以快速、准确、方便地开展生物信息分析,鉴定样本微生物的组成和基因组特征,并尽快开展后续的深入研究和信息挖掘。

“传染病防控领域与人类健康息息相关,对数据利用的时效有较高的要求,同时需要不同城市的部门和实验室之间实现数据共享和交互,以及标准化的数据分析流程,云计算为打通这些环节提供了可能性。” 传染病预防控制所项目负责人张雯说,“我们希望可以通过微生物分析平台的建设,促进国内疾控数据的交互,推动高通量测序技术在国内病原菌检测和监测工作中的有效利用。”

首期云平台项目发布了 6 个不同的生物信息分析流程,可实现 NGS 数据的质量控制、基因预测、进化分析、蛋白注释等功能。平台的 web 前端目前可支持至少 100 位用户同时并行操作,80 个分析作业的并行进行。弹性的平台设计支持未来对计算和存储资源的无限扩展。


值得关注的是,云平台项目开发过程中出现了一些预料之外的状况:例如,传统的数据存储和云平台存储方式具有较大差异;由于疾控领域信息的敏感性,对数据安全和用户账户权限的严格分级控制都具有很高的要求;实验室过去编写和部署流程没有比较统一的标准和环境等。针对这些问题,双方最终确定了如下系统架构:


“平台主要向 CDC 系统的各级科研和卫生防疫人员提供可视化的微生物数据分析流程。我们已经合作将微生物领域所需的基因数据分析流程迁移到平台上,包括传染病预防控制所专家们自主研发的最新算法和分析流程。GeneDock 的基因数据云服务在底层全面支撑这些重要业务。” GeneDock 首席技术官王乐珩说。

另据介绍,GeneDock 团队在云平台项目中应用的关键数据技术,包括在安全方面,平台在数据传输和存储过程中全面应用了数字签名、金融级加密等工业级技术;新设计的企业级母子账户权限系统,满足科研用户对珍贵基因数据的控制和分享需求;在数据传输方面,GeneDock 独有的基因数据压缩算法和传输系统,提高数据传输的效率;另外,GeneDock 提供了分析流程配置工具,方便生物信息学家研发新的分析流程。

来源:36氪   作者:刘涌

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