着名生物信息分析软件GATK 的网站上,24日放出了这样一则消息(点击):
而Google Genomics的Cookbook上也增加了如下内容:
看到这里,想必做过生物信息分析特别是重测序的童鞋们已经明白了:
想必其他童鞋仍在考虑这个问题:
GATK是啥?
GATK是着名的基于比对结果的基因组分析软件,因功能全面、结果准确而着称,迄今为止已有数百篇高质量paper是在GATK的分析结果基础上完成(我们在文献中看到的重测序后续的variation分析如SNP、indel、以及Genotyping等有相当一部分是GATK的功劳)。
以下是GATK官网的流程图:
可见其功能的强大。
但其系统环境配置和计算资源消耗方面的问题及其引起的bug却经常令用户抓狂。云端版本似乎是一个比较理想的解决方案。
值得一提的是Google Genomics 此次也同时支持GATK的好基友picard。后者通常结合GATK进行数据过滤,预处理和格式转换。
以下是路透社对此的报道:
从周三起,生物医学研究机构Broad研究所的知名DNA分析软件GATK开始提供云服务版本。
学术机构和医疗公司会寻求同谷歌和其他科技公司,如亚马逊、微软和IBM之间的合作并进行抉择,以架设自己的分析基因数据库用来治愈疾病。这一市场份额据分析师估计,到2018年可达10亿美元。
Broad研究所是由自哈佛大学,麻省理工学院和哈佛附属医院的科学家们所组成。其主打的基因组分析工具GATK是一款用于分析基因组测序数据的软件,Broad 研究所的CEO Samantha Singer在一次采访中透露,该软件已经被研究人员和企业下载20000次。
对生物医学专业来说,学习如何使用软件是很复杂和令人头疼的一件事情。而Google 谷歌表示Google Genomics的这项服务将接管配置软件的环境变量和命令。不过目前尚未设定对此服务设定一个价格,或是将其包含在云计算费用之中。
来源:知因