Nature颠覆性成果遭“中国期刊论文”质疑,病毒究竟有没有CRISPR样系统?

医疗健康 来源:生物探索
2016
07/12
09:26
生物探索 医疗健康

2月29日,发表在《自然》杂志上的一项研究中,法国科学家们报告称,巨型病毒(mimivirus)拥有类似细菌CRISPR系统一样的抵御外来入侵的防御系统。研究者们将这一类似CRISPR的系统命名为MIMIVIRE。然而,今年6月,发表在《中国病毒学》(Virologica Sinica)杂志上的一项研究却对Nature上的这一成果提出了质疑。

Nature研究成果回顾:病毒的CRISPR样系统MIMIVIRE

MIMIVIRE is a defence system in mimivirus that confers resistance to virophage

事实上,发表在Nature上的这一发现最早可追溯到1992年。当时,论文的共同通讯作者Didier Raoult和Bernard La Scola发现,冷却塔中的变形虫(amoebas)被一种很大的微生物感染。经过多年的研究,科学家们最终在2003年确定这种微生物并不是细菌,而是一种巨型病毒(mimivirus)。

此后,研究人员还发现,mimivirus其实也会被其它病毒困扰。2008年,Raoult和La Scola发现,被Mamavirus(巨型病毒的一种)感染的变形虫同时还携带着一个小病毒。这个小病毒攻击的对象竟然是Mamavirus。当它出现时,Mamavirus会变得复制缓慢,组装异常,且下一代感染变形虫能力会变弱。团队将这种“攻击”其它病毒的病毒命名为virophage。

Zamilon是Virophage家族最新的一个成员。2014年,Raoult和La Scola发现,Zamilon只能够感染Mimivirus家族中的某些分支。此外,在能够被感染的3个分支中,其中有一个分支对Zamilon是免疫的。Raoult推测,这些巨型病毒是借助了CRISPR样(CRISPR-like)的免疫系统保护自己免受Zamilon的侵害。

为了验证这一猜想,科学家们分析了60种mimivirus病毒株的基因组,寻找与Zamilon匹配的序列。结果发现,能够抵御Zamilon感染的Mimiviruses拥有与Zamilon相匹配的DNA短链。此外,研究人员还发现,与这些序列相邻的基因编码了能够降解DNA的酶。这与CRISPR系统是非常相似的:CRISPR/Cas系统编码Cas酶的基因也在识别病毒的序列附近。

研究还发现,阻断这一CRISPR样系统中不同组件的活性会使mimivirus更易受到Zamilon的攻击。研究者们将这一类似CRISPR的系统命名为MIMIVIRE。

Virologica Sinica:为什么MIMIVIRE不可能成为适应性免疫系统?

CRISPR-Cas-like system in giant viruses: why MIMIVIRE is not likely to be an adaptive immune system

6月13日,发表在《中国病毒学》(Virologica Sinica)杂志上的这一研究中,法国艾克斯-马赛大学(Aix-Marseille University)的科学家们对Nature上这一研究的观点提出了挑战。

共同通讯作者Jean-Michel Claverie 和Chantal Abergel在论文中写道:MIMIVIRE与CRISPR/Cas系统并不相似,它并不是通过核酸识别系统发挥作用,且不太可能具备真正的适应性免疫系统的所有特性。据The-Scientist网站报道,Didier Raoult与Jean-Michel Claverie过去曾在一起工作,但现在两人的关系很受争议。

此外,这一研究还对巨型病毒(mimivirus)的抵抗机制是否完全是基于核酸提出了质疑。与发表在Nature上的研究观点不同,他们认为,在抵抗性的巨型病毒中,蛋白质可能干扰了virophage的复制。Claverie和Abergel认为,巨型病毒的防御机制丝毫不像CRISPR。

Protein-based interaction model for Zamiloninhibition.

首先,巨型病毒基因组和virophage的复制发生在相同的位置,这就不可能形成基于核酸的免疫保护。其次,CRISPR代表的是成簇规律间隔的短回文重复(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats),而MIMIVIRE的序列既不是规律间隔的,且两侧也没有可识别的重复序列。第三,对应的Zamilon序列缺乏前间区序列邻近基序(protospacer adjacent motifs,PAMs)。细菌通常利用PAMs区别病原体DNA和自身DNA。据悉,CRISPR/Cas9系统的靶向特异性部分取决于Cas9蛋白与PAMs的结合。

科学家如何看待这一质疑

对于这些质疑,Raoult说:“MIMIVIRE当然不是CRISPR,这只是个类比。”

一些未参与这项质疑研究的病毒学家也赞同了Claverie 和 Abergel的批评意见。 洛克菲勒大学的Luciano Marraffini表示,尽管MIMIVIRE表面上是一种抗virophage(anti-virophage)系统,但它似乎缺乏CRISPR/Cas系统的一些标志性特征,如重复序列、导向RNA。北卡罗莱纳州立大学的Rodolphe Barrangou对此表示赞同。

此外,研究论坛PubPeer上的一位匿名评论者指出,发表在Nature上的这项研究明显缺少RNA沉默对照组。这可能排除了一种可能性,即观察不到virophage感染可能仅仅是因为巨型病毒没有复制。

Virologica Sinica

据《中国病毒学》(Virologica Sinica)官网介绍,该杂志创刊于1986年,2007年出版语种变更为英文,由中国科学院武汉病毒研究所和中国微生物学会共同主办,并自2008年起,通过德国施普林格出版社(Springer)进行全球出版发行,并被国内外多家重要数据库摘引和收录。

Virologica Sinica是中国生物学医学核心期刊(双月刊,全年6期),期刊栏目包括研究论文、综述、短讯和观点等多种类型,定期反映病毒学及分支领域的最新研究进展,内容涉及新病毒发现,病毒致病机理、病毒-宿主相互作用、疫苗开发、抗病毒药物和疗法、病毒相关生物技术等多个生物医学相关领域。

来源:生物探索

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