导语
非编码RNAs(ncRNAs)种类颇丰:rRNA、tRNA、snoRNA、miRNA、lncRNA······我们曾经相信,ncRNAs只是制造转录mRNA时没有作用的副产品,然而逐渐发现了它们对基因调控的关键作用,或为其他蛋白质和RNA提供了一个支架,但对这些ncRNAs如何相互作用以及控制细胞功能所知甚少,偶尔掀开了其裙角却发现它还穿着N条打底······
对ncRNAs研究限制的最大因素是缺乏可以使用的RNAs互作方法,《Molecular Cell》上最新的一篇论文介绍了研究进行ncRNAs的系统功能分析,捕捉不同RNA分子之间的相互作用的新技术LIGR-seq。当两个RNA分子有相匹配的序列时,它们会像尼龙搭扣一样粘在一起。然后,将成对的RNA结构从细胞移除,并采用最先进的测序方法进行分析,以精确地确定粘在一起的RNA。或许正是我们所需要的。
LIGR-seq技术总览
(A) LIGR-seq protocol原理图
细胞与AMT(可以嵌入RNA二倍体)一起孵育,365 nm的紫外光辐射。RNA提取后使用DNase1处理, 去除rRNA;接下来,使用S1核酸酶消化RNA生成的末端可以与circRNA连接酶的连接反应兼容。使用RNase R富集交联的 RNA,254 nm的紫外光辐射逆转交联。平行处理的对照样本以不添加AMT或者连接酶的方式处理。
(B) 对RNA-RNA嵌合阅读框显着性检测和打分的“Aligater”分析方法原理图
(C) 嵌合阅读框比例代表着+AMT VS–AMT s样本中显着的RNA-RAN相互作用, +AMT样本中观察到的相互作用显着高于–AMT s样本。
(D) “观察到的/预测的”+AMT VS-AMT样本中相互作用显着性(蓝色)和非显着性(黄色)的Log倍数比例相关性。在+AMT样本中,“观察到的/预测的比例(OE)”高于-AMT样本。
LIGRseq检测优势
你不需要通过芯片等常规方法预选RNA,就能看到在细胞中整体发生了什么,以及它们是怎样影响细胞功能的;
可以观察发生在活细胞内的RNA相互作用
本文LIGR-seq数据揭示了小核仁RNA(snoRNA)和mRNAs之间的相互作用,来控制靶标mRNA的稳态水平。所以通过该方法,我们可以揭示出snoRNA直接影响哪些mRNA,从而影响蛋白质的表达和丰度,从而在细胞生物学中添加了一个新的控制水平。未来研究人员将利用这个方法在不同细胞、组织、疾病进展阶段和物种类型中检测RNA的表达丰度,进一步促进我们对多种转录涉及的ncRNAs角色理解,让我们拭目以待。
参考文献
Global Mapping of Human RNA-RNA Interactions
医谷链
《国内外基因编辑界都在关注NgAgo能够超越CRISPR吗?》
《重大成果!中国学者研发出国际一流基因编辑技术NgAgo-gDNA,或超CRISPR-Cas9》
来源:解螺旋·医生科研助手 作者:解螺旋.麦子
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