由华大基因和生物医学中心(BioMed Central)联合创办的大数据期刊《GigaScience》3月26日报道了掌上手持型DNA测序仪的最新成果,这种测序仪可以在短短6个小时时间里区分细菌和病毒的种类。
去年,由英国Oxford Nanopore公司开发的,仅4英寸长、普通U盘大小MinION测序仪投入了市场,这种测序仪的出现对于整个基因测序行业来说意义重大,MinION测序仪仅售900美元,同那些笨重、价格高得令人咂舌的基因测序仪相比,它具有的革命性意义太多了。
比如说它是首个可以进行独立评估的纳米孔测序设备,这种USB供电的测序仪有上千个凹槽,每个凹槽中又有许多个纳米孔,用于单个DNA链通过。当有DNA进入通道的时候,每个碱基会发出独特的信号用于系统检测记录。
然而MinION的试用却引发了一些争论,来自日本的学者利用MinION对λ噬菌体的基因组以及蛇毒腺转录组的扩增子进行了重测序,但是却提出尽管MinION测序仪能够在一次运行中产生超过150 MB的原始数据,但最多四分之一的reads能定位到参考序列。大部分序列都包含插入/缺失的错误,或完全没有相似性。他们认为,利用MinION来开展大的测序项目是不可行的。如果不增加准确性,MinION的实际应用似乎很有限。不过其他人却认为这一评测并不成熟,关于其准确性的看法也不精确。
近期来自马里兰Edgewood 化学生物学中心等处的研究人员又对这一设备的应用进行了验证,他们分析了大肠杆菌和三种牛痘病毒的DNA样品。通过测序前的第一次DNA扩增,研究人员克服了MinION的30%出错率,准确完成大肠杆菌(非特殊菌种)的识别。并且研究人员也发现纳米孔测序数据也能用于识别不同的牛痘病毒,比如带有MVA突变的菌种等,而这些菌种相互之间高达98%以上的相似度。
“我们的研究结果非常重要,因为这是第一次证实这一技术在当前状态下的实用性,”文章作者,Edgewood 化学生物学中心的Andrew Kilianski 表示。
不过目前样品测序过程中还需要进行扩增DNA用于检测,这一点并不方便,而且这一技术也没有用于更加复杂的样品分析,比如宿主DNA。
来源:生物通
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